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對於我們西藏人而言，無上瑜伽修行就像是日常三餐一樣，因此我們對這一部密是更熟悉的。金剛持和大日如來的修行在日本很興盛，一般看來日本好像有很多外三密的行者，但似乎只有藏傳系統才能真正發現真正無上瑜伽的修行，然而我不能完全肯定是不是這種情況。無上瑜伽的修行法則主要是針對欲界眾生，尤其是這個星球的人類，他們的身體是由六種生命元素所組成，六種元素中，骨頭、骨髓、體液來自父親，肉體、皮膚和血液來自母親（64）。

無上瑜伽修行道有一個殊勝之處，它不僅可以運用不同的禪修方法證得法報化三身（65）的佛果，還可以在人的普通狀態下證得清淨的根，例如在死亡時、中陰身和轉生時。

再者，如前所述，密續的意義在無上瑜伽修行中發揮得跟精深，這可以從三個密續層來了解：
（一）根密續——這是基礎；
（二）道密續——方法；
（三）果密續——成果。
這三層密續最後都是從淨光根本心生起。

不妨這樣理解其意義：薩迦派傳統所說的根密續是指一切的根本，即住處壇城和住處本尊。所有一切法都是從這個根本生起。根據這項解釋，根的所有現像都是它自身特性的顯現；道的所有現像都是證悟的顯現；果的所有現像都是潛在形式的顯現。

同樣地在寧瑪派的著作中也發現'根與果不一不異'這樣的陳述，因為所有果的現像都是根本因潛在形式的顯現與完成，我們可以透過這樣​​的敘述來理解： “清淨身與清淨智慧既不能合亦不能分”，一個覺者的身體與智慧代表著雙身，即法身與色身。

當我們研讀彌勒的《大乘最上要義論》（Uttdrdtdntra）時我們要謹記，心的染污是偶然的，心的正面品質是自然呈現的（66）。但這並不意味所有正面的品質和心的證悟早已在心中呈現。而是它們都潛存在淨光根本心之中。因此，審慎而精確的了解這些表象和相關的概念是很重要的。否則就會像外道‘數論派“（Samkhya）一樣執持謬見，主張芽是種子的化現。

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